خطای ساعت ماهواره اثراتی را روی مشاهدات فاز موج حامل و شبه­فاصله می­گذارند که به مکان کاربر وابسته نیست. برای مثال اگر ساعت ماهواره (پس از اعمال تصحیحات ناوبری منتشرشده) خطایی در حدود ۱۰ نانو ثانیه داشته باشد منجر به بروز خطای تعیین موقعیتی در حدود ۳ متر در مشاهدات فاز و یا شبه­فاصله می­گردد.

رفتار ساعت هریک از ماهواره های GPS به صورت دائم نسبت به “زمان GPS” که با گروهی از ساعت های اتمی (در ایستگاه کنترل مرکزی در کولورادو اسپرینگز) حفظ می گردد، سنجیده می شود.

ثمره این پایش مداوم ارسال تصحیحات تحت عنوان ضرایب خطای ساعت به همه کاربران GPS است که در پیغام ناوبری منتشر می گردد. آنچه که برای کاربران مهیاست در حقیقت یک پیش بینی از رفتار ساعت در آینده برای حدود ۲۴ ساعت یا بیشتر. از آنجائیکه تغییرات تصادفی نوسانات اتم های سزیم و روبیدیم قابل پیش بینی نیستند، این پیش بینی، بسته به زمان به روز شدن پیغام ناوبری، دقتی در حدود ۲۰ نانو ثانیه معادل ۶ متر است.